Investigadores ayudan a identificar genes relevantes en infecciones bacterianas

Investigadores del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universitat Autònoma de Barcelona y del Centro de Regulación Genómica han desarrollado una base de datos para facilitar la identificación de proteínas que pueden ayudar a combatir enfermedades infecciosas.

El grupo de científicos indican que también acelerará el desarrollo de nuevos agentes antimicrobianos.

La base de datos BacFITBase contiene 90.000 entradas con información sobre genes bacterianos patógenos y su contribución a condiciones infecciosas in vivo en cinco especies diferentes de huéspedes. Los estudios que se realizan in vivo analizan los efectos en organismos o células enteras y vivas. Según el estudio publicado en la revista Nucleic Acids Research, todavía no se conocen muchos mecanismos subyacentes a la patogénesis bacteriana.

Incluye información sobre 15 bacterias, incluidas dos variantes de Salmonella enterica, tres tipos de E. coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii y Vibrio parahaemolyticus con información en 10 tejidos diferentes.

Los investigadores esperan continuar creciendo la base de datos en los próximos años como un depósito de proteínas bacterianas que podrían ser objetivos importantes en la lucha contra las enfermedades infecciosas.

Genes necesarios durante la infección del huésped

Las enfermedades infecciosas son causadas por microorganismos patógenos que ingresan, colonizan y crecen dentro de un organismo huésped y producen una infección. Las proteínas codificadas por los genes bacterianos son responsables de los procesos bioquímicos que ayudan al patógeno.

Otros estudios han demostrado que para identificar estos genes, se necesita información in vivo sobre lo que sucede con la bacteria en un huésped infectado. Los estudios in vitro, que son los recreados en laboratorios con cultivos celulares y bacterianos, no siempre coinciden con los datos de los estudios in vivo. Esto se debe a que los genes bacterianos patógenos esenciales para producir infecciones dependen del medio ambiente del organismo colonizado. Las enfermedades infecciosas solo pueden entenderse adecuadamente en el contexto de las interacciones huésped-patógeno, ya que las bacterias patógenas no crecen solas sino en un entorno complejo del huésped.

Sobre la base de los resultados de los experimentos in vivo, los investigadores caracterizaron los genes bacterianos relevantes para la invasión e infección de la célula huésped. Todos los experimentos se basaron en una técnica conocida como mutagénesis de transposones, donde los fragmentos de ADN llamados transposones se transfieren a los genes patógenos del organismo, por lo que los inactivan. Esto significa que su papel en la infección se puede observar directamente y los investigadores pueden determinar cuáles son necesarios para que un organismo huésped específico se infecte.

Incluye Salmonella Typhimurium ST4 / 74 de una vaca, cerdo y pollo en tres tipos de tejidos diferentes y Salmonella Typhimurium SL1344 de un ratón. E. coli O157:H7 de las heces de una vaca, E. coli M12 y E. coli CFT073 de ratones y Campylobacter jejuni 81–176 de un ratón.

BacFITBase tiene una búsqueda de texto para encontrar genes bacterianos patógenos específicos, una función de búsqueda BLAST para encontrar genes bacterianos similares a una secuencia de proteína o ácido nucleico de interés, una capacidad de exploración para identificar genes de alto impacto físico durante la infección y una sección tutorial. Las especies de patógenos y/o huéspedes pueden especificarse en los menús desplegables de la página de búsqueda.

Fuente: Food Safety News

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