Científicos prueban secuenciadores de ADN portátiles para monitoreo microbiano

Investigadores han evaluado un dispositivo de secuenciación de ADN portátil para su utilización en el monitoreo ambiental en fábricas de alimentos.

El estudio, realizado por investigadores del programa de investigación de alimentos Teagasc y del Centro de Investigación de la Fundación de Ciencias de Irlanda de APC Microbiome Ireland, probó secuenciadores de ADN portátiles como una herramienta de control microbiano de rutina en las instalaciones de producción de alimentos. Los secuenciadores de ADN pequeños y portátiles ofrecen los primeros pasos hacia la clasificación y el análisis microbiano en tiempo real y al ritmo de la industria, indicaron los investigadores en la revista npj Science of food.

Los microbios en los alimentos pueden causar deterioro y enfermedades, por lo que los controles de rutina son necesarios en los sitios de producción. La identificación precisa de los microorganismos en la cadena alimentaria permite identificar las fuentes de contaminación y establecer medidas de control. Pero, las técnicas actuales, aunque probadas y probadas, tienen algunas limitaciones, explicaron los investigadores.

Avanzando en microbiología

El autor principal de la investigación y académico, Paul Cotter, comenta al respecto: “Las pruebas de microbiología en la cadena alimentaria se han basado y continúan dependiendo de las pruebas de microbiología clásicas más antiguas, como el uso de placas de agar y petri. Este es un enfoque que requiere mucho tiempo y solo se identifican los microorganismos que se están probando específicamente”.

En vez de cultivar muestras bacterianas en placas de Petri, la secuenciación de ADN puede analizar rápidamente el ADN bacteriano e identificar las especies en una muestra. Sin embargo, la secuenciación convencional considera costosos equipos de laboratorio y solo técnicos altamente capacitados pueden realizar el procedimiento y analizar los resultados. Esto significa que no es una buena opción para la vigilancia microbiana de rutina en plantas de producción de alimentos ocupadas.

El profesor Cotter y sus colegas, dirigidos por Aoife McHugh, compararon el rendimiento de la secuenciación de Oxford Nanopore Technologies y Illumina con métodos basados ​​en cultivos para el monitoreo ambiental de una planta lechera.

El dispositivo portátil MinION de Oxford Nanopore era similar al sistema de secuenciación de laboratorio más grande en términos de la cantidad de especies bacterianas que podía identificar en las muestras, lo que sugiere que tiene potencial como un dispositivo de monitoreo de rutina en la producción de alimentos. Sin embargo, el pequeño dispositivo requiere una cantidad mínima de ADN antes de que pueda funcionar correctamente.

Un paso hacia los no expertos que utilizan herramientas de secuenciación de ADN

Se tomaron muestras de ocho ubicaciones en la instalación en tres días distintos en octubre, noviembre y diciembre del año 2018, después de la limpieza en el lugar pero antes de la siguiente ronda de procesamiento de lácteos.

En la instalación lechera limpia no había suficientes bacterias en muchas de las muestras, por lo que los investigadores tuvieron que realizar un paso adicional para amplificar el ADN bacteriano antes de que hubiera suficiente para analizar. Ellos aseveran que un mayor desarrollo de la tecnología puede ayudar a superar este problema.

Previamente, los investigadores determinaron capacidad de la secuenciación rápida basada en MinION para clasificar correctamente una comunidad simulada de cuatro cepas de microorganismos formadores de esporas relacionados de relevancia para la cadena de procesamiento lácteo, incluido Bacillus cereus, que puede causar infecciones en humanos.

Cotter señaló que el uso de tecnologías de secuenciación de ADN para mejorar la calidad e inocuidad alimentaria puede tener un impacto en la vida cotidiana: “Este estudio representa un paso clave hacia un día en que los no expertos puedan utilizar herramientas de secuenciación de ADN para realizar pruebas microbiológicas en la cadena alimentaria”.

Noticia publicada con información de Food Safety News

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