Alemania: Establecen una red de investigación para la vigilancia de bacterias

Tres organizaciones alemanas han creado un consorcio para monitorear patógenos bacterianos y detectar brotes más rápidamente. Estas instituciones son: La Universidad de Münster, el Centro de Investigación Borstel y el Instituto Robert Koch formaron la red miGenomeSurv (vigilancia de agentes infecciosos basada en el genoma microbiano).

Esta red se basa en laboratorios nacionales de referencia, donde los agentes infecciosos relevantes para la población se caracterizan microbiológicamente y mediante análisis del genoma. Los métodos de secuenciación del genoma proporcionan huellas dactilares de ADN y otras características de las bacterias, lo que permite vigilar y detectar grupos.

El enfoque inicial incluye E. coli enterohemorrágica (EHEC) y Listeria monocytogenes, en que las muestras enviadas datan de principios de 2019, llegando a casi 3.000 en el segundo trimestre de 2021.

Se necesita una huella digital detallada de un patógeno para identificar o excluir cualquier similitud entre las cepas. Esto ayuda a los investigadores a reconocer si los patógenos involucrados son similares y si ya se han visto en otro lugar o antes. El Presidente del Instituto Robert Koch, Lothar H. Wieler, comenta al respecto: “Para mejorar el control de infecciones, la vigilancia molecular de los agentes infecciosos es esencial”.

La firma única de los patógenos

En 2011, el sistema de salud pública alemán se enfrentó a un brote de E. coli O104: H4 transmitido por alimentos, que causó uno de los brotes más grandes de infecciones por ECEH que provocó 2987 enfermedades, 855 casos de insuficiencia renal grave y 53 muertes. Los brotes de fenogreco de Egipto se identificaron como el vehículo más probable de infección.

La identificación de la fuente de infección es esencial para el control exitoso de los brotes. Si la fuente no se encuentra rápidamente, tales brotes pueden continuar durante largos períodos de tiempo y en diferentes lugares, lo que dificulta la identificación del agente causal.

Una base de datos con acceso restringido activa automáticamente alertas tempranas de brotes mediante el envío de correos electrónicos a los remitentes de datos en el caso de coincidencias genómicas cercanas entre muestras.

En el consorcio, se define un lenguaje común, llamado nomenclatura, para los numerosos linajes de patógenos detectados.

Esto se basa en la secuencia del genoma y de un genoma central (cg) – tipo de secuencia de múltiples locus (MLST) calculado a partir de los datos del genoma. Como resultado, el material genético del patógeno se traduce en un código numérico estandarizado.

Esto permite el intercambio de datos entre los laboratorios participantes, con otros socios e instituciones nacionales e internacionales como el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC) y los servicios de salud pública responsables de medidas como la gestión de brotes.

El Profesor de la Universidad de Münster, Dag Harmsen, indica: “Las herramientas bioinformáticas fáciles de usar ayudan a dar a cada patógeno una firma única”

Grupos similares existentes incluyen GenomeTrakr Network, el consorcio Global Microbial Identifier y PulseNet International.

Noticia publicada con información de Food Safety News

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